درون‌مایه اصلی کتاب «مردی که زنش را با کلاه اشتباه می‌گرفت» بررسی ارتباط پیچیده بین مغز، ذهن و هویت انسان است. ساکس به ما نشان می‌دهد که چگونه عملکردهای مغزی ما، ادراک ما از جهان، خاطرات، احساسات و در نهایت، حس خود بودنمان را شکل می‌دهند. او همچنین به مفاهیمی چون سازگاری، انعطاف‌پذیری، معنای زندگی در مواجهه با محدودیت‌ها و اهمیت توجه به جنبه‌های انسانی در پزشکی می‌پردازد. این کتاب به طور ضمنی به چالش‌های نگرش صرفاً بیولوژیک به بیماری‌ها و ضرورت درک تجربه زیسته بیماران تأکید می‌کند و بر اهمیت همدلی و درک متقابل در ارتباط بین پزشک و بیمار صحه می‌گذارد.